Im natürlichen Wald finden sich (ausgenommen des Lebens unter der Erde) drei Vegetationsschichten: die Kronenschicht der Altbäume, die Strauchschicht mit Jungbäumen und die Krautschicht am Waldboden. In der Vertikalen kommen schichtübergreifend wachsende Kletterpflanzen wie Waldrebe und Efeu hinzu.
Gleichermaßen können im Wald auch verschiedene zeitliche Ebenen betrachtet werden. Bevor sich beispielsweise im Frühjahr das Blätterdach der Kronenschicht schließt und nur noch wenig Licht nach unten gelangt, ist der Waldboden häufig flächig mit Bärlauch oder Scharbockskraut bedeckt. Sobald sich das Blätterdach schließt, nehmen andere Pflanzen mit weniger Lichtbedarf den Platz am Boden ein.
Das Konzept des Waldgartens orientiert sich an dieser Systematik und entspricht in der Basis einer Streuobstwiese, welche um Schemata des Waldes ergänzt wird.
Die Baumschicht besteht aus hochstämmigen, streuobsttauglichen Obst- und Nussbäumen und Wildobstgehölzen. In der Strauchschicht wachsen schattenverträgliche Nuss- und Beerensträucher. Am Boden wachsen Kräuter, mehrjähriges Gemüse, bodenverbessernde Leguminosen und breit über das Jahr blühende Bienenweide.
Blühende Gehölze und Bienenweide dienen als Nahrungsgrundlage für Insekten. An Sträuchern und Bäumen belassenes Wildobst kann Säugetiere und Vögel bis in den Winter hinein mit Nahrung versorgen. Unterholz, Heckenpflanzungen, Stein- und Reisighaufen bieten Lebensraum und Überwinterungsmöglichkeiten für eine Vielzahl von Tieren.